Il est certain que si le secret révélé par Le Code Da Vinci est vrai, on peut comprendre la motivation de l'Eglise pour occulter la vérité.
Une relation physique entre Jésus et Marie-Madeleine va à l'encontre de l'idée qu'on se fait de Jésus-Christ en tant que figure religieuse. Pour la foi chrétienne, ce n'est pas souhaité de brouiller les messages véhiculés par le Christ et il est préférable de favoriser l'idée d'un Jésus exempt de tout trait de caractère qui pourrait le faire passer pour le commun des mortels.
Par dessus cela, il faut rajouter une éventuelle descendance de Jésus et un lien avec la dynastie des Mérovingiens qui ne serait pas profitable au pouvoir le l'Eglise. Le thème populaire du Da Vinci Code touche au sacré et il a entraîné un courant de contestations qu'il faut mettre en balance avec les thèses évoquées par Dan Brown et d'autres auteurs qui traitent du même sujet pour essayer de se faire une idée précise.
Le débat est toujours ouvert car les "anti Da Vinci Code" ont peut-être démonté certaines parties du livre, mais il n'existe pas de preuve irréfutable qui contredit ce que Jésus et Marie-Madeleine ont bien pu faire en dehors de ce qui est dit dans les Evangiles. D'un autre côté, les "pro Da Vinci Code" ne peuvent pas non plus démontrer sans équivoque leur théorie du complot.
Dans la préface du livre, Dan Brown certifie que son roman est basé sur des faits vérifiés. Du coup, les contestataires de la théorie du complot se sont concentrés à attaquer les parties évoquant la relation de Jésus et Marie-Madeleine, mais aussi tout ce qui touche à l'implication des Templiers, du Prieuré de Sion, des Cathares et des Francs-Maçons. L'histoire de Rennes le Château a aussi reçu son wagon d'attaques et bien sûr le fameux code contenu dans les peintures de Leonard De Vinci est aussi pris dans la tourmente.
Aujourd'hui, il est certain que certains faits sur lequel repose le roman ne sont absolument pas confirmés, mais à l'époque où Dan Brown a effectué ses recherches pour écrire le roman, il était dans son droit de croire que tout cela était vrai car cela repose sur des documents précis et des livres d'auteurs qui on effectués des recherches avant lui. Donc, il faut se remettre dans le contexte du moment où Dan Brown écrit son livre car il croit fermement qu'il repose son énigme sur des faits avérés et il en est tellement sûr qu'il l'affirme dans la préface. C'est seulement après la publication du livre que certaines théories ont été ébranlées.
Puis, il ne faut pas négliger un paramètre important qui est la puissance de l'énigme en elle même. C'est évident que l'on peut facilement avoir très envie de croire à cette histoire car elle met en doute les fondements les plus originels de notre civilisation. De plus l'Eglise ne dispose pas d'un capital confiance au plus haut parmi ses fidèles, contribuant à supporter l'hypothèse que les autorités chrétiennes nous cachent tout un tas de choses, donc pourquoi pas un fait aussi important que celui évoqué par le Da Vinci Code.
Parmi les dizaines de millions de lecteurs du roman, beaucoup ne vont pas faire la part des choses et il est important de ne pas tomber dans un contre-Evangile. Il faut prendre le livre de Dan Brown comme un roman passionnant, mais pour ce qui est de la théorie évoquée on ne peut pas la prendre pour argent comptant car il n'existe aucune preuve irréfutable qui la supporte. Les doutes subsistent, mais c'est d'ailleurs le cas pour les Evangiles eux-mêmes.
De ce fait, on peut se demander si l'ampleur de la polémique ne peut pas engendrer un courant de croyance qui dépasserait largement la portée du roman.